Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 97 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Pekerjaan Umum Perumahan dan Kawasan Permukiman maka susunan organiasasi Dinas Pekerjaan Umum, Perumahan dan Kawasan Permukiman adalah sebagai berikut :
